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邱溱:春节人口流动大,如何追踪监测疫情?
最后更新: 2023-01-21 08:05:39三、如何识别全新毒株
新冠病毒基因组的长度为29903(约3万)个碱基,技术不是那么发达的时候,技术人员测定整个基因组可能要耗费数周甚至数月的时间。凭借全基因组测序技术,可以一次性完成之前数月的工作。
全基因组测序需要在实验室里进行,依赖高性能计算机和芯片,至少分析数小时才能完成。如果批量做新冠基因组测序,成本约为每次几百元,远远高于核酸单管的16元/次。
这是第一步。如果新毒株(以下用X代替)危害性很大需要管控,在新毒株的基因组明确后,可以利用PCR检测做针对性的识别。
例如Alpha疫情时期,英国用PCR识别Alpha,具体办法是:赛默飞某款PCR试剂盒,同时测刺突蛋白、N蛋白和ORF1ab。
赛默飞的刺突蛋白引物,故意针对的是69/70位点,而Alpha正好有69/70缺失突变,所以用该款试剂盒测试为阴性。但用其他试剂盒测试,结果为阳性。所以该试剂盒阴性+其他试剂盒阳性,大概率就是Alpha。
我们可以选择新毒株的特征基因组片段,开发针对性的试剂(试剂A,不识别X),就可以用核酸检测的手段筛查该毒株的感染人群。筛查中可同时选用普适性的试剂(试剂B,可以识别大多数新冠病毒)。如果A阴性,B阳性,判定感染毒株X。
也可以用类似策略开发只能检测到X的试剂C,只要试剂C检测阳性,就可以判定感染X。但由于毒株还在持续突变,以上策略准确性不是100%。
是否能混检取决于人群X毒株感染率,如果感染率很低,可以采用20混1或者10混1的方式加快筛查速度。如果感染率较高,就只能单管检测。
找到感染者后,还可以用流调的方式对传染链进行追踪,但流调只能在扩散初期起到效果。
Nextstrain.org上新冠病毒的进化树
四、早发现早控制新毒株难度很大
但在目前防控措施放开的情况下,早发现、早控制新毒株的难度也变得很大。
首先是筛查覆盖面偏小,很难做到早发现。根据中国疾控中心病毒病所所长许文波披露的数据,2022年12月中国疾控中心通过抽样调查,完成了1142个病例的全基因组测序,发现奥密克戎变异株亚分支BA.5.2和BF.7占全国流行的绝对优势,两者合计超过80%。此外,还有7个奥密克戎变异株亚分支也在流行。
即使加上其他地方疾控中心和医院的测序,全国一个月只测序了不到3000例,相比庞大的感染数据来说,抽样的比例很低。
其次,测序能力地域上很不均衡。东部发达地区测序多,中西部地区测序很少,西部地区省份只有省级疾控中心有测序能力,实际测序量很少。如果全新毒株从乡镇开始传播,很可能发展到县内普遍感染,外溢较多的时候才能监测到。
第三,开发特定的核酸检测试剂需要时间。在明确基因组序列后,还需要设计并测试试剂,测试完成后,还需要进行生产、分发,然后才能投入使用。
第四,搜集该毒株的重症率,以及做出决策也需要时间。如果要决策防疫政策的调整,需要数据支撑,最重要的数据为重症率。
按一般规律,大多数病例有3天左右潜伏期,出现症状一周以上才可能发展到重症。所以在疫情开始传播14天以上才可能有较完善的重症率数据。如果要求数据较为可靠,则周期还会更长。新冠传播速度为2天一代,2-3周的时间足以感染疫情爆发地区较大比例的人群,在这个阶段,防控措施很难起到理想的效果。
第五,流调能力有限,很难承担围堵任务。根据流调实际经验,如果能靠落地检筛查到病例,东部发达地区可以靠流调和小范围隔离将疫情控制在萌芽阶段。但如果传染链已经扩散一周左右,基本无法低成本控制。
眼下由于新冠防控措施放开,多数东部地区的流调中心已经解散,即使下决心重组,也需要一段时间才能正常工作。中西部地区流调能力更差,由于软硬件、财政、人员素质等因素,从2020年至今未能建立起合格的流调体系。在2022年秋季疫情中,多地不能在早期感染者数量还不多的窗口期控制疫情,直到感染者人数挤兑了隔离能力。如果需要重新防控,流调能力不足的问题依然存在。
2022年9月,贵州省疾控系统派出400余人开展流调溯源遏制疫情蔓
而出现全新毒株的话,境内出现和境外出现的结果又完全不同。
如果重症率高的新毒株出现在境外,则疫情输入到我国存在一定时间差,在这段时间内,国外研究机构和医疗机构已经对病毒进行研究,并获得了一定数据。
在疫情输入我国时,我们已经掌握病毒基因组数据和一部分重症率数据,可以及时完成决策并调整。所以可以靠加强边境管理限制疫情输入,即使有小规模的疫情输入,还来得及用核酸筛查+重启流调的方式将新毒株清零。
如果新毒株在境内偏远地区出现,由于发现时(住院数据异常)疫情可能已经广泛传播,获取和核实数据也需要时间,决策时间和处置时间就非常紧张了,控制毒株扩散难度很大。
而眼下正是春节假期,由于春节人员流动性很大,如果境内出现全新毒株,防控更难。
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本文仅代表作者个人观点。
- 责任编辑: 小婷 
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