由于亲身经历了争夺帝位的苦痛，为永绝后患，雍正在八月份创立了秘密立储制。他召见大臣九卿说：“圣祖（康熙）既将大事付托于朕，朕身为宗社之主，不得不预为之计。今朕特将此事亲写密封，藏于匣内，置之乾清宫正中世祖章皇帝御书‘正大光明’匾额之后，乃宫中最高之处，以备不虞。诸王大臣咸宜知之。”

雍正二年（1724）七月，雍正发布了御制《朋党论》，给诸王、满汉文武大臣看。雍正心知，在皇位继承人的事情上，他的那些兄弟各成派系，都是强有力的竞争对手，尤以八弟允禩、九弟允禟为最。他的上台，是内靠舅舅隆科多在御前传谕“圣旨”，外靠大将军年羹尧手握重兵，使康熙晚年最看好的十四阿哥允禵，根本无力与他抗衡。为了压服众人，雍正仍把圣祖康熙爷搬了出来，说康熙“亦时以朋党训诫廷臣”，现在居然还有人想联结朋党，显然更加不识时务。因此他又说：这些别有居心的人，“俱不能仰体圣心，每分别门户，彼此倾陷，分为两三党，各有私人。一时无知之流，不入于此，即入于彼。朕在潘邸时，敬慎独立，深以朋党为戒，从不示恩，亦无结怨。设若朕当年在朋党之内，今日何颜对诸臣降此谕旨乎？”

这分明是自我表白，我雍正从来没有结朋党的意思和行为。而那些有朋党之嫌的人群，也正是那时他继承皇位最大的威胁。他的话，显然是对那些人的震慑，也为他接着而来的整治朋党，提供舆论先导。雍正御制的《朋党论》就这样出台了。

很快，雍正就将那些可能带来朋党之祸的亲王全部剪除，对允禩、允禟、允祉、允禵等骨肉兄弟一一下了狠手，其中许多人无缘无故地“病死”了。不仅如此，雍正还用满语中的粗话将允禩改名为“阿其那”（满语为“狗”）、允禟改名为“塞思黑”（满语为“猪”）。雍正为政的特点是严猛，与乃父康熙的宽仁，颇成鲜明的对比。

雍正生于康熙十七年十月，即位时已四十五岁，老练沉稳，夺位斗争的影响又促进了他的猜疑性格，最后，居然对他最有力的支持者重臣年羹尧、舅舅隆科多都下了黑手。

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雍正七年（1729），清廷设立了军需处，后改名为军机房；最初的目的，是针对准噶尔战争的军机要务的处理需要，所有成员都是雍正选派的亲信。雍正八年后，正式改称为“办理军机处”，以后就简称“军机处”，成了处理全国军政大事的核心机构。军机处设有军机大臣，由皇帝在亲王、大学士、尚书、侍郎、京堂中选定，也通称作“大军机”，无定员，最多时达六七人；为首的称作“领班”，其他人则称军机大臣、军机大臣上行走、军机大臣上学习行走等。他们的僚属称军机章京，通称小军机，负责缮写谕旨、记载档案、査核奏议。军机大臣直接听命于皇帝。皇帝通过军机处将机密谕旨，直接寄给各地总督、巡抚，称为“廷寄”，督、抚有重大问题上书直接寄往军机处，再交皇帝审批，称为“密折”。军机处办理的是最为机要的国家大事，从而完全取代了清初权力最大的议政王大臣会议。军机处机构精简，行政效率高，有利于迅速处理全国的军政大事。皇帝则通过“廷寄”与“密折”，遥控军机处，集大权于一身，加强了君主专制集权。经过这样的机构调整，内阁也形同虚设，内阁成员不过是荣誉的职衔。因此，雍正以后的几朝中，这个机构被很好地维持下来。

从整个清代历史进程来看，雍正朝的政治整顿是最具积极意义的，实际作用及影响也最大，并为清代在乾隆朝出现的兴盛局面，奠定了坚实的基础。雍正在内政方面的多项改革举措，使清代的政治体制大体上得到了完善。

譬如，他改革八旗制度，裁抑原满洲部落贵族的特权，撤销旗下护军，禁止八旗宗藩与外廷交通、接受私谒，八旗兵权统归皇帝一人。雍正采取了极其严酷的措施，大杀满族亲贵，直接委派亲信管理各地旗务，全面剥夺了原八旗旗主的兵权。这样一来，八旗就能直接听命于皇帝，成为中央集权制下的常备军。八旗兵共分满、汉、蒙，各置八旗，总共有二十四旗。其中一部分留守京师，称“禁旅八旗”；一部分驻守地方，称“驻防八旗”。所有八旗中，仍以满八旗为主。除此之外，还有绿营兵，由收编后的明降军和汉族地主武装组成，配合八旗兵驻防北京和全国各地，由此在全国形成十分严密的军事控制体系。

雍正进一步加强对总督、巡抚和地方政府的控制。明代的总督、巡抚大多为临时委任，负有监察或特殊军事统领之责，行省一级最高行政长官为布政使。明代后期因军事控制的需要，才在各地增设总督，也非普遍现象。与明代不同的是，清代将督、抚制度化后，总督、巡抚成了固定的封疆大吏，代表皇帝总揽一省或数省的军政大权。督、抚们可以通过“奏折”或“密折”，直接向皇帝汇报军政大计，皇帝有密谕，则通过“廷寄”迅速直接地传到督、抚那里。