如果说美国政府下辖的某些机构不能或不愿对日本细菌战的情况进行调查的话，其他一些机构却一直在对日军的生物武器项目进行暗中调查，而且这种调查在二战结束之前就已经在进行了。目前已经解密的档案是1944年1月28日美国海军作战部长（Chief of Naval Operations）写给联合情报参谋部（Joint Intelligence Staff ）的一份备忘录：“据1943年12月21日一个可靠的情报来源报告，日军在日本京都有一个细菌战实验室……”，这份备忘录还提到中国此前在这方面发表过的一些报告，而且提到一份未经证实的文件也曾指出“1941年初，日本北海道西南部港口城市小樽附近的捕鱼活动曾一度暂停，因为在小樽大学实验室被洪水冲毁后，一些人工培养的鼠疫病菌已经随着洪水流入大海”。

在最近解密的美国情报部门档案中，我发现了一份在华美军G-2部门撰写的报告，里面提到了一名日本战俘交待的情况：1942年浙江战役期间，日军占领了一片曾遭到生物武器攻击的地区，日军的伤亡人数在很短的一个时间段内急剧增加，疾病以霍乱、痢疾和鼠疫为主。被感染的士兵大量涌入医院……那些被霍乱感染的日本士兵往往由于接受治疗太晚，大多死掉了。这名日本战俘看到，南京水供应与净化部门（也就是“多摩部队”总部——原注）的数据显示，死亡数字在1700人以上……日本战俘认为，实际的死亡数字可能会更高，因为“压低那些令人不快的数字是日军很通常的做法”。

这份在华美军G-2部门的报告在结尾处对那名日本战俘做了一些描述，说他曾在南京和九江日本细菌部队服役，是个“非常聪明、诚实的人……他提供的信息是可靠的”。

美国陆军防化兵部队的威廉·克雷西（William Creasy）少校在二战结束10年之后撰写的一篇文章中指出，美国陆军早就注意到日本的细菌战动向了。克雷西少校认为，日军对美国使用的纸气球炸弹（二战中日军在日本本土释放携带炸弹的气球，利用高空气流飘到美国本土后落地爆炸）很可能就是一种生物武器。“据美军掌握的情况，日本早在1932年就开始对生物武器表现出兴趣了。1937年，他们已经建立起了生物武器研究和实验机构”，他写道。

我在杜鲁门图书馆查阅到的档案显示，战争刚刚结束，美国政府就开始对日本发动细菌战的情况展开了调查。在日本投降后不久，杜鲁门总统就派遣了一个科学调查组前往日本，担任组长的是卡尔·康普顿（Karl Compton）博士，他当时在麻省理工学院（MIT）担任校长。1945年10月3日，日本投降后还不到两个月，康普顿博士回到华盛顿，当面向杜鲁门总统报告了调查的初步结果。第二天，康普顿博士向杜鲁门总统提交了一篇长达6页的调查报告。整篇报告信息量很大，其中对日本生物武器情况的分析很吸引人：如果通过我们的调查，发现日本在细菌学领域的科学研究工作能够对我们自己在这方面的知识或技术进步有所助益的话……我们的医学专家和细菌学专家们通过与军方医疗机构的紧密合作，正在持续不断地在这方面加紧研究工作。看起来，日本对细菌战已经做了很积极的准备。截至目前，他们一直否认自己有任何发动细菌战或为发动细菌战进行准备的意图，不过我们对他们的否认态度是存疑的，我们正在这个问题上展开进一步的调查工作。

从现有的资料来看，调查工作进展缓慢，持续了数月之久。他们最终确定了日本细菌部队中一些高级军官的名字。石井四郎一直声称，他们所有的工作都是防御性的，他从事的是水源净化工作，因为中国人，尤其中共方面的人，一直在污染日军的饮用水水源，而且他也相信苏联人打算对日本发动细菌战。

在面对美国调查人员时，石井四郎最初给人留下了一种很狡猾的印象。他利用了美国调查人员对共产党的恐惧心理，他把一切都归咎于中国和俄国的共产党人，说他们十分残忍、对人命毫不在意，这些描述其实正适合他自己。在他的细菌战行为无法掩饰时，他又开始为自己寻找借口，希望把自己的一切行为合理化。石井四郎坚称，他所做的一切都是对共产党的反击，“他们”那样做，所以日本不得不做些事情防止自己在战场上处于弱势。

在最初的几次谈话里，日本人一直想掩盖真相。北野政次（Masaji Kitano）是石井四郎离开“731部队”期间该细菌部队的代理领导者，他没有提供任何有价值的信息；此外，另一个从事细菌战的“100部队”的领导者若松雄二郎（Wakamatsu Yujiro）也是如此，“100部队”主要从事动物疾病的研究（其实他们也用人体进行实验，以便研究家畜传染病对人类的影响）。这些接受询问的日本军官都说，所有记录都已被销毁，所有人员也都已被遣散。

具有历史讽刺意味的是，如果不是苏联和中国国民党当局，美国的调查工作也许真地会无果而终。苏联和中国国民党当局都拿出了足以给日本人定罪的证据。苏联发表了对两名被俘的日本细菌部队人员川岛和唐泽的审讯记录。这份记录描述了日本细菌战研究机构是如何运转的，他们是如何培养病菌宿主的，两名日本俘虏承认自己做过人体实验，他们还描述了石井四郎是如何通过制造特殊炸弹解决生物武器载具的问题的。关于这些信息是如何传递的，目前仍无法确定。美国方面的档案显示，上述信息先是被送往驻日本的麦克阿瑟将军司令部，不久后其下辖的国际起诉科（International Prosecution Section）才获悉。不过，苏联人对事实给出了另一个版本。根据苏联方面的说法，在远东国际军事法庭拒绝接受中国在“多摩部队”问题上提供的证据之后，苏联诉讼团队把川岛和唐泽提供的书面证据交给了美国首席检察官约瑟夫·凯南（Joseph B. Keenan）。